正在吃饭的同学们全都停下了手上的动作,看向唐师兄,眼中浮现出荒谬的神色。
“老师该不是忧思成疾,病急乱投医吧?”
“本科生能解决我们的问题?”
最开始发问的师弟问出了大家的疑惑,他们都是从本科生过来的,自然知道本科生是什么水平。
“行了,这还不是因为我们这么长时间都没解决那个问题,老师这么做一定是激将法,是为了激励我们。”
唐师兄沉思片刻,笃定的说道。
其他同学们也都微微点头,这应该就是事情的真相了。
“这也不是我们没本事啊,实在是这个问题已经超出了我们的能力范围,不要说我们,整个学院,恐怕也找不出能解决这个问题的学生吧?”
一位师妹苦着脸吐槽到,他们也都指着项目能够出成果,他们才好发论文,一篇高质量的论文,不仅能够让他们顺利毕业,也是他们未来事业的敲门砖。
“不要说学生了,就是教授也找不出来吧。”
另一位师弟也吐槽到,他们已经卡在这方面几个月时间了,自然很清楚构建模型的难度,也正因为如此,他们才笃定这不是一个本科生能够做到的事情
“好了好了,老师这样安排自有他的道理,我们把事情做好就行了。”
唐师兄打断了师弟师妹们的抱怨,吃完早饭的他打开电脑继续整理数据。
见到师兄这幅态度,其他师弟师妹们也都回到自己的位置上,用心整理起数据来。
……
早上9点,陈辉准时出现在实验室外,宋朝明确早已恭候多时。
“小兄弟早上好,吃饭了没?”
“我这儿还有包子和豆浆,要不要吃点?”
宋朝明热情的招呼到。
实验室中的同学们早已张大个嘴巴,他们什么时候见到老师用这种态度对一个人,哪怕是学院的领导,以他们老师的身份都是平辈论交的。
他们现在的好奇心已经拉满,这个本科生到底是什么来头?
“我们直接开始看数据吧。”
陈辉却摇了摇头,他6点就已经起来了,吃了早饭,还看了两个多小时的论文才过来的。
“好,跟我来。”
宋朝明带着陈辉走进实验室,穿过同学们的办公桌,一路向里面走去,一道厚重的自动门滑开,进门后,身后的门自动关闭,周围开始喷洒消毒液,随后宋朝明让陈辉穿上实验服装,这时前方的门才打开。
一股独特的混合气味扑面而来,是刺鼻的消毒酒精、培养细胞的温润甜腻、以及精密仪器运行时散发的淡淡电子气息。
这股味道,对陈辉而言,如同战士闻到了硝烟,是一种属于前沿科研战场的味道。
眼前的景象与他终日沉浸的、只有书籍和代码的静谧空间形成了鲜明对比,这里是一个充满生命律动与科技冷光的奇妙融合体。
穿过这扇门,里面才是真正进行实验的地方。
实验室宽敞明亮,被划分为数个功能区域,各种高端仪器如同等待检阅的士兵,安静地运行着,发出低沉的白噪音,奏响着一曲科研的交响乐。
一侧是巨大的超净工作台,柔和的白光下,一位全副武装的研究员正用移液器进行着无菌操作,动作精准如绣花。
后面是数排二氧化碳恒温培养箱,微微轰鸣,内部保持着37℃、5% CO?的恒定环境,像一个个温暖的子宫,孕育着无数作为实验材料的癌细胞。
房间中央矗立着几台关键的大家伙。
一台高通量质谱仪的指示灯正在闪烁,它能够以惊人的精度测量样品中成千上万种蛋白质的质量和数量,是绘制蛋白质组学图谱的核心武器。
旁边连接着液相色谱仪,正通过细细的管路将复杂的样品混合物一一分离。
另一侧,新一代基因测序仪正在低沉地运行,它的芯片上正在以惊人的速度读取着DNA的碱基序列,揭示着癌细胞最深层的遗传密码。
靠墙放置着共聚焦显微镜,它的复杂镜头组能对细胞进行光学切片,生成绚丽多彩的三维图像,实时观察蛋白在细胞内的定位和相互作用,屏幕上正显示着经过荧光标记的细胞,绿色和红色的光点交织,仿佛微观宇宙中的星辰。
透过一扇观察窗,可以看到隔壁的SPF级动物房,里面饲养着为实验献身的转基因小鼠模型,它们是验证药物效果的活体战场。
实验室里人员不多,但每个人都步履匆匆,全神贯注。
一位博士生正对着电泳凝胶成像系统皱眉,另一位师姐在冰盒前小心翼翼地区分着珍贵的样品,还有人在电脑前疯狂地记录数据,脸上写满了疲惫与专注。
空气中弥漫着一种无形的压力,那是项目卡壳几个月带来的集体焦虑。
陈辉对此却很是满意,不愧是国家重点实验室,无论是设备还是人员,都是精锐中的精锐,这对他接下来的研究很有帮助。
“你看,”宋教授指着一排放在液氮罐旁的冻存管,“这些都是我们构建的、携带不同EGFR突变体的细胞系。那边,”他又指向质谱仪,“正在跑的就是最新一批用药后不同时间点收取的样品。
数据源源不断地出来,但我们……却看不懂它想告诉我们什么。”
他引着陈辉走出实验室,来到一间小型会议室,打开投影仪,满是期待的看向陈辉。
第312章 废案?这明明是顶刊级成果
唐师兄和几个负责这一块的师弟师妹们同样坐在会议室中,这些数据就是他们昨天熬夜整理出来的成果,他们看到老师甚至都有些谄媚的模样,面面相觑,不知道老师的葫芦里卖的是什么药。
难道,老师真打算让这个本科生来解决这个问题?
陈辉不知道其他人的想法,他只是专注的盯着投影屏幕。
屏幕上展示着令人眼花缭乱的图表和数据矩阵。
“这就是我们的魔鬼,”宋朝明苦笑着调出一张热图,上面是数百个蛋白的磷酸化水平变化,红绿相间,看似有规律却又杂乱无章。
“这是我们用磷酸化蛋白质组学技术,对比了经奥希替尼处理的突变细胞和对照组,筛选出的所有显著性变化的磷酸化位点。”
宋朝明又调出另一张复杂的网络图,但许多连接线都是虚线或问号,“我们尝试用现有的生物信息学工具和数据库去构建相互作用网络,但结果……就像你看到的,充满了猜测和不确定性,我们缺乏一个强有力的数学骨架来支撑起这些零散的数据点。”
宋朝明的语气从介绍数据和思路的自豪,逐渐变为面对难题的无奈和渴望。
“我们做了大量的实验,敲低这个基因,抑制那个蛋白,看下游效应,但就像在迷宫里摸黑走路,效率极低,而且经常走入死胡同,我们需要一个指南针,一个能告诉我们下一步该打哪里的模型。”
他目光灼灼地看向陈辉,充满了期待,“小兄弟,我们擅长生成数据,擅长在细胞和小鼠身上验证假设,但我们不擅长从这样高维度、高噪音的海量数据中,挖掘出隐藏最深的、真正的因果逻辑。”
“这就是我请你来的原因,我们需要你帮我们建模!”
“不是简单的拟合曲线,而是构建一个能够真正反映细胞内信号动态传递过程的计算模型,用它来告诉我们,这条见鬼的非经典通路,最可能是什么样子?它的关键节点在哪里?我们下一步最应该验证哪个靶点?”
宋朝明将所有的数据和盘托出,也将最大的期望寄托在了这个年轻的外援身上,实验室里所有精密昂贵的仪器此刻仿佛都有规律的律动起来,它们生成的数据,正等待着一个能解读其秘密的大脑。
陈辉的目光扫过屏幕上复杂的数据流,眼神专注而锐利,仿佛已经穿透了表象的混乱,开始在心中构建那个看不见的数学模型。
对他而言,这不是压力,而是一场极具吸引力的智力解密游戏,而游戏的奖励,不仅是帮助宋朝明破局,更是为他自己的终极目标,夺取一块关键的拼图。
会议室中的唐师兄几人却已经瞪大了眼睛,他们见到刚才老师对陈辉的态度,原本以为这位本科生是有强大的背景,来实验室镀金的。
但从刚才老师的介绍,还有老师眼中的期待来看。
老师似乎真的想要让这位本科生来帮助他们解决难题?
唐师兄都感觉有些错乱,他真想让老师自己听听自己在说些什么,从高维度、高噪音的海量数据中,挖掘出隐藏最深的、真正的因果逻辑、细胞内信号动态传递过程的计算模型……
这玩意儿是一个本科生能听得懂的内容?
不要说他们了,如果不是宋朝明见到了陈辉在图书馆构建的模型,恐怕也不会相信一个本科生能够完成这个任务。
但现在,他充满了期待。
“我需要一些时间。”
陈辉已经坐在宋朝明的电脑前,他们这个项目的实验数据毫无保留的展现在陈辉面前。
但面对如此庞大,如此复杂的数据,又是完全陌生的领域,陈辉也需要一些时间来梳理这些数据,同时调整思路。
“没问题,这间会议室就留给你,如果需要什么帮助随时可以找我,如果我不在就找唐剑,他是负责这块研究的大师兄。”
宋朝明当然也明白这模型不是一天两天能搞定的,反而是陈辉听完问题后没有第一时间拒绝,就让他感觉到了希望。
“对,我确实需要点帮助。”
陈辉像是忽然想到了什么,看向宋朝明说的那位大师兄,“接下来的几天,我需要帮忙带下饭。”
“?”
唐剑先是一愣,旋即回过神来。
这家伙难道还真准备在这儿研究?
这让他不得不重新打量陈辉,如果这家伙真要在这儿研究的话,说不定还真有两把刷子。
不过他的确想不出一个本科生要怎么解决这个问题,他脑海中根本想象不出来半点这个画面。
“让你带饭呢,有问题吗?”
宋朝明见唐剑半天没有回应,眉头一拧。
看见自己这些不成器的学生,再跟陈辉一对比,他就很气。
“没问题。”
唐剑毫不犹豫,斩钉截铁的说道。
“那就拜托小兄弟了。”
“这台电脑里面有全部的实验记录、原始数据和失败的分析报告,具体内容有什么疑问也可以找唐剑。”
宋朝明看向陈辉时,已经是满脸笑容,俨然已经把陈辉当成实验室二把手的态度。
他也不知道陈辉到底能不能解决这个问题,但从今天下午陈辉展现出来的实力来看,如果陈辉都解决不了,或许,他们真的要构思其他的方案了。
很快,小会议室中就只剩下陈辉一人。
没有急着建模,他打开宋朝明指出的文件夹,从最开始两年前的数据开始看起,一个数据一个数据的研读起来。
三天时间一瞬即逝,陈辉终于将所有数据阅读完。
凝神思考好半晌后,陈辉开始建模。
他使用宋朝明团队未曾使用过的更高级的多元统计方法,主成分分析PCA、偏最小二乘回归PLSR,来降维和提取特征。
完成建模后,将模型和实际数据导入仿真软件,结果略有改善,能看到一些聚集趋势,但依然无法厘清因果关系。
再次思考了几个小时后,他开始着手构建一个包含所有异常蛋白的非线性相互作用模型,这一次,他引入了微分方程。
模型参数极多,拟合结果看似很好,但过拟合了,模型完美地复刻了包括噪音在内的所有数据,却不具备预测能力,无法通过新数据的验证。
看着最后的结果,陈辉皱起眉头。
他意识到这个问题的确没有那么简单,即便是他,也同样被数据的复杂性和噪音所迷惑,陷入了海量噪音构成的泥潭中。
他需要从这些噪音中抓住那些关键的真实数据!
陈辉目光锐利的看向屏幕上的数据。
暂时的失利并没有让他气馁,他最擅长的从迷雾中寻找真相,这是高达9级的洞察力给他的底气。
咚咚咚!
会议室门被敲响。
“进来。”
陈辉揉了揉额头,看了眼电脑上的时间,已经是中午12点多,吃个饭休息一下吧。
唐剑提着饭盒走进来,将饭盒放在会议桌上,笑着说道,“今天给你带的是铁板牛肉,平时我们自己也挺喜欢吃的,牛肉鲜嫩多汁,搭配秘制酱料,很下饭。”